A igreja, localiza-se no interior do castelo de Alcácer do Sal, fazendo parte da pousada de D. Afonso II aí existente.
Presume-se que a igreja terá sido aqui erguida após a conquista definitiva de Alcácer do Sal aos muçulmanos em 1217, aproveitando para o efeito a mesquita privada do último Governador Almóada, Abdallah Ibn Wazir.
Após a instalação da Sede e Convento da Ordem de Santiago em Alcácer do Sal, confirmado de novo por D. Afonso II, a igreja recém edificada recebe o orago de Santiago. Nos séculos seguintes servirá de igreja privativa dos Espatários, associada aos Paços da Ordem aí existente. Vários concílios da Ordem de determinações estatutárias e de administração tiveram aí lugar. Após a instalação da sede da ordem no castelo de Pamela no final do século XV, no reinado de D. João II, a igreja e restante espaço edificado foi caindo em ruina e pilhado pela população residente dentro e fora do castelo.
Em 1530 era capelão da igreja, agora designada como ermida de Santiago, António Ribeiro, que se mantem no cargo até meados de 1545. Algumas décadas depois, em 1570, o edifício e restante espaço anexo foi pedido por Rui Salema e sua mulher ao rei D. Sebastião, para aí fundarem um mosteiro de Clarissas. A petição foi aceite e á sua custa foi erguida uma imponente igreja, cujos apontamentos Renascentistas e posteriores chegaram até aos nossos dias.
Desde de finais do século XVI e até meados do século
XIX, a igreja foi usada como espaço de celebração de missas, afeto ao concento
de Nª Sª de Aracoeli. O orago Santiago foi regelado para um dos altares
laterais da igreja, sendo as freiras obrigadas por merce regia a celebrar missa em honra do santo, determinação que foi
cumprida até ser extinto o convento no século XIX após a morte da última
religiosa.
O espaço
pode ser visitado, solicitando-se o seu acesso á pousada de D. Afonso II.
